S２JDBCで手動トランザクションしたいとのこと

格好良い言い方をするとトランザクションがネストするので、デフォルトでは対応出来ないケースらしい。
まあ、調べればいろいろ出てくるはずだが・・・

http://why2know.com/type/blog_c/2013/02/seasar2-userTransaction.html
http://d.hatena.ne.jp/aki193/20100504/1272972731
http://www.ibm.com/developerworks/jp/java/library/j_j-seasar03/
http://m97087yh.seesaa.net/article/249506072.html
http://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/0803/18/news148_3.html

とりあえず、一次回答としては、

「処理フローとデータフローを書いて見て、ほんとうにそれで無いと実現出来ないか検討してください」

としておきました。できるだけシンプルにしておくほうが現実的じゃね。